La collection de l’anatomiste et violoniste amateur Guido Richard Wagener (1822-1896) a été achetée en 1901 par Alfred Wotquenne, bibliothécaire du Conservatoire royal de Bruxelles. Wagener a rassemblé un large panel de différentes musiques mais était essentiellement intéressé par le répertoire allemand. La collection contient plus de 9.000 ouvrages, recueillis jusqu’à son décès, en 1896. Outre sa collection musicale, il a également rassemblé des outils de recherche et des livres d’anatomie, des instruments de musique et des documents iconographiques. Sa collection d’instruments a été détruite pendant la Seconde Guerre mondiale et sa collection d’iconographie musicale a été divisée et vendue en 1982. Sa collection d’ouvrages musicaux est la collection de musique "étrangère" la plus grande et la plus importante en Belgique. Avec la collection Westphal, cette collection constitue le cœur du patrimoine historique de la bibliothèque des conservatoires de Bruxelles.
A propos de Carl Philipp Emanuel Bach, la collection Wagener possède un certain nombre d’œuvres majeures dont quatre, peut-être cinq, manuscrits autographes.